De las excavaciones arqueológicas realizadas entre 1992 y 1994 se concluye que el templo, cuyas dimensiones sólo eran superadas entonces por la catedral de Santiago de Compostela, presentaba una planta coincidente en anchura con la de la actual iglesia.

La catedral románica inicia su andadura bajo el mandato del obispo don Pedro de Roda, quien ocupa la diócesis pamplonesa en el año 1083. El prelado creó una cofradía con la que obtener los fondos necesarios para afrontar las obras, al tiempo que el papa Urbano II exhortaba al monarca Pedro I y a sus súbditos a través de una bula de marzo de 1097, a colaborar mediante donaciones en la nueva empresa.

1100. Inicio de las obras

Las obras de éste debieron comenzar en torno al año 1100, según indicaba una inscripción que, labrada en una ménsula de la portada, se podía leer en su integridad hasta fines del siglo XVIII, antes de que la fachada románica fuese sustituida por la actual de Ventura Rodríguez.

1127. Consagración de la iglesia

En su construcción se sabe que intervino el maestro Esteban, que trabajó en la catedral de Santiago de Compostela. A la par que la iglesia, parece que se emprenden las obras del claustro románico, situado al sur del templo, que para el año 1122 ya dispone de refectorio y de sala capitular. Donaciones reales, eclesiásticas y de fieles particulares contribuyeron a la buena marcha de los trabajos e hicieron posible que la iglesia pudiera ser consagrada el 12 de abril de 1127 en presencia del rey Alfonso el Batallador; aunque la empresa del claustro se prolongó unos años más, aproximadamente hasta 1137.

Estructura en tres naves

De las excavaciones arqueológicas llevadas a cabo con motivo de la restauración realizada entre 1992 y 1994 se concluye que el templo, cuyas dimensiones sólo eran superadas en aquel entonces por la catedral de Santiago de Compostela, presentaba una planta coincidente en anchura con la de la actual iglesia, definida por tres naves -de mayor anchura la intermedia- con crucero saliente y triple cabecera formada por un ábside central, semicircular al interior y poligonal al exterior; y dos laterales de diseño semicircular situados sobre el crucero.

Bajo el ábside del lado de la Epístola se abría una cripta organizada en tres pequeñas naves que separaban columnas que tenían una función sustentante. A los pies del templo, correspondiendo con el primer tramo del actual edificio, se situaba la puerta principal que constaba de un doble vano de medio punto abocinado siguiendo el esquema de la puerta de Platerías de la catedral de Santiago de Compostela, y se hallaba flanqueada por dos torres desiguales, siendo la emplazada al norte de mayor altura.

Ningún indicio nos permite asegurar el tipo de cubrición que volteaba sobre naves, cabecera y cripta, aunque no sería aventurado pensar que en ésta se hubieran utilizado bóvedas de cañón o de arista, y de horno para la triple cabecera de la iglesia.

Cilleria y palacio episcopal

De la fábrica románica han llegado a nuestros días la cillería y el palacio episcopal, desfigurado por el dormitorio gótico y la biblioteca barroca, con la capilla de San Jesucristo, ambos del siglo XII.