El edificio medieval experimentó una serie de adiciones a fines del siglo XVI y a lo largo de las dos centurias siguientes, que acabaron por dotar al templo de las dependencias necesarias para el cumplimiento de las funciones litúrgicas y particulares del cabildo.

Entre los años 1632-1634 se añadió al tramo norte de la girola que se adosa al brazo del crucero, la capilla de San Blas.

El resto de las dependencias se organizaron en torno a la cabecera, disponiéndose de norte a sur, una pequeña capilla del siglo XVI, de dos tramos con cubierta de crucería, la sacristía de los beneficiados o de los capellanes, la sala capitular, la capilla del relicario y la sacristía de los canónigos.

Sacristía de los canónigos

De las cuatro estancias la primera que se ejecutó fue precisamente esta última, la sacristía de los canónigos, construida en 1599 por iniciativa del obispo Antonio Zapata, como ampliación de otra anterior que llegó a resultar insuficiente debido a sus pequeñas dimensiones. Sin embargo su aspecto varió sustancialmente con la remodelación que a mediados del siglo XVIII llevó a cabo el tallista Silvestre de Soria, incorporando una densa decoración rococó que afectó a muros, pinturas de las bóvedas y mobiliario consiguiendo un conjunto unitario de gran refinamiento en el que todos los elementos se funden bajo el dinamismo de las formas ondulantes. Un nicho de planta oval, adosado en la parte oeste de la sacristía, acoge el lavabo de mármol, rococó de mediados del siglo XVIII.

La capilla del relicario

La sacristía de los canónigos comunica con la sala capitular a través de un pequeño pasillo en el que se habilitaron dos pequeñas capillas para contener el conjunto de reliquias de la catedral.

Sala capitular

La sala capitular, que describe un espacio rectangular de esquinas ochavadas, fue construida en 1727, aunque a mediados de este mismo siglo y más concretamente en 1765, se decide sustituir la cubierta original por otra en artesa que es la que voltea actualmente sobre la sala. Las obras se adjudicaron al maestro albañil Esteban de Múzquiz y a los carpinteros Miguel de Goicoechea y José de Huici, y fue el pintor Pedro de Rada el encargado de pintar imitando el mármol molduras y cornisas de muros y cubierta, manteniendo así el estilo que se había imprimido a la recién decorada sacristía de los canónigos.

Sacristia de los beneficiados

Un pequeño espacio de planta rectangular del siglo XVIII con yeserías barrocas da paso a la segunda de las sacristías, denominada sacristia de los beneficiados cuya fábrica se había concluido en los meses iniciales de 1747.

Biblioteca capitular

Finalmente se construyó, a partir de 1760, la biblioteca capitular conforme a las trazas de Juan Lorenzo Catalán. Su ejecución corrió a cargo del cantero Juan Miguel de Goyeneta, el albañil Esteban de Múzquiz y los carpinteros Miguel de Goicoechea y José de Huici. Las obras se encontraban finalizadas para 1763, año en el que el pintor Fermín Rico procedió a decorar ventanas y rejas.