Todos los ventanales de la catedral están adornados con vidrieras. Las de las capillas son de dibujo geométrico y carecen de colorido para aumentar la luminosidad. Las demás son policromas e historiadas.

Al terminar la obra de la catedral en el siglo XVI, se colocaron vidrieras de colores en todo el templo. En un memorial dirigido al Cabildo, en el siglo XVII, aparece como autor Juan Carlos Bionde. De aquellas primeras solo restan las cuatro de la nave central más cercanas al crucero en el lado de la epístola, ya que las restantes perecieron a consecuencia de explosiones de pólvora ocurridas en el molino y en la muralla sucesivamente en 1673, 1733 y 1823. Fueron repuestas todas en este siglo.

La casa Maumejean, de San Sebastián instaló, entre 1919-1937, seis vidrieras en la nave central. Entre 1974 y 1983, Carlos Muñoz de Pablos, pintor y vidrierista segoviano, ejecutó las cuatro de la cabecera, las cuatro del crucero, las tres de la girola y la que hay sobre la puerta del claustro, además, realizó las de las capillas, éstas sin figuras, como queda dicho. En 1977 este mismo artista restauró las cuatro del siglo XVI.

Los motivos de las vidrieras son escenas de los Evangelios, la Virgen y Santos y, en el presbiterio, escudos heráldicos de Navarra o de personajes relacionados con la catedral (reyes, obispos y papas).

Otras vidrieras notables del conjunto catedralicio son las del Refectorio, colocadas en 1891 por la casa Mayer de Munich y las de la Capilla Barbazana, por S. Cuadrado, de Madrid, en 1956.