Hay profusión de elementos ornamentales y retablos en la Catedral de Pamplona, correspondientes a distintos estilos.

Si se inicia un recorrido por la Catedral desde los pies por el lado del Evangelio, se ve, junto a la puerta lateral de ingreso, la pila bautismal de jaspe, colocada bajo una arquitectura que simula una portada en gótico flamígero, encuadrando el lienzo del bautismo de Cristo. Se ciñe con una balaustrada de bronce dorado, abierta en el centro, que se repite en todas las capillas. Se construyó este conjunto en los primeros años del siglo XIX.

A continuación empiezan las capillas: la primera es la de capilla de San Juan Bautista, que ocupa el espacio de dos tramos de las naves. Fue la parroquia de la Catedral, para lo que está dotada de todos los elementos correspondientes: sacristía, coro, púlpito y sagrario. El retablo es renacentista, de los primeros años del siglo XVII y consta de predela y tres cuerpos distribuidos en tres calles con relieves de la vida del Bautista y su talla en el centro. La siguiente capilla, de Santa Catalina, tiene en la actualidad el retablo del Cristo de Caparroso. Es gótico y consta de 16 tablas pintadas, distribuidas en tres cuerpos y un guardapolvo superior curvo, en las que se representan diversos profetas ricamente ataviados, ostentando amplias filacterias con los textos de sus profecías y con rótulos que los identifican. El estilo de estas pinturas está muy en consonancia con la escuela de Aviñón, de mediados del siglo XV. De esta misma época es el crucifijo que va colocado sobre el retablo, buen ejemplar de escultura gótica.

La que sigue se llamó de capilla de las Ánimas y de la Trinidad; la ocupa el retablo de San José, que antes estuviera junto a la puerta del crucero norte. Es barroco, de dos cuerpos y ático, el primero cobija en una hornacina una talla del titular, el segundo, un relieve del mismo y el ático un calvario de pintura. Está bien dorado, como todos los de la catedral.

La última capilla del lado del Evagelio, llamada de capilla de San Martín, alberga un retablo barroco del siglo XVII. Lleva en su cuerpo principal un retablito de reliquias con muchos santos pintados, varios de ellos benedictinos. Se ven también los escudos del obispo Fray Prudencio de Sandoval, a quien perteneció. En el ático, un lienzo reproduce la famosa Madonna del Popolo, de Roma. En la base del retablo va colocada una urna con reliquias de San Inocente, mártir, y dos ricos relicarios barrocos que enmarcan sendas cartas de San Ignacio de Loyola y San Francisco Javier.

En el crucero norte están, uno frente a otro, dos grandes retablos barrocos, mandados construir por Fray Pedro Roche, franciscano, obispo de Pamplona, en 1675. Constan de dos cuerpos y ático, aquellos distribuidos en tres calles. Los santos titulares son de bulto y los demás, altorrelieves. El de San Gregorio, que estuvo hasta 1946 en el crucero sur, lleva el titular en el centro del primer cuerpo, junto a San Sebastián y San Antonio Abad. En el segundo cuerpo, San Ildefonso, con las santas Florentina y Elena. En el otro, a San Jerónimo, el titular, también en el centro del primer cuerpo, acompañan San Ignacio de Loyola y San Fernando. Y, en el segundo cuerpo, San Saturnino, con San Antonio y San Nicolás. El dorado es excelente y bien conservado.

A los pies del retablo de San Jerómimo está la consola del órgano, colocado sobre la puerta que sale a la Plaza de San José. Es el mayor órgano de Navarra, con tres teclados y 34 juegos. Fue construido por «Organería Española» en 1946, utilizando algunos tubos de otro anterior.

Al comienzo de la girola se halla la Capilla de Sandoval. Se construyó aprovechando un espacio exterior delimitado por un muro románico. Una reja, obra de Juan de Lazcano en 1636, la separa del ámbito de la girola. Se construyó entre 1632-1634, con trazas de Francisco Fratín y Martín de Urquía. El retablo, ejecutado por el escultor Pedro Zabala y el pintor Lucas Pinedo en esos mismos años, enmarca un lienzo de San Benito, de Fray Juan Ricci, traído posteriormente de Madrid en 1651, y lleva, además, pinturas de los San-tos Padres en la predela y del Calvario en el ático. En dos grandes nichos laterales de los muros de la capilla hay dos esculturas barrocas, de San Ignacio y San Francisco Javier. Puede verse sobre la verja y el nicho de la derecha el escudo de armas del obispo Sandoval, a cuya costa se construyó esta capilla, en la que se depositaron sus restos.

A continuación de esta capilla se apoya en el muro de la girola, donde antes estuviera el de San Blas, el retablo de San Agustín, barroco del siglo XVII, gemelo del de la capilla de San Martín y procedentes ambos de la capilla Barbazana, donde estuvieron hasta 1943. Contiene los lienzos del titular y, en el ático, de Santa María Magdalena. A ambos lados del retablo cuelgan dos tablas del siglo XVII con las escenas del Nacimiento y la Epifanía.

En los extremos del fondo de la girola se abren las dos puertas de las sacristías, ambas góticas del siglo XV, aunque más antigua la de los Beneficiados. Entre ellas se sitúan dos grandes retablos barrocos, encargados para este lugar en 1709. El primero se llama de los Capellanes o de Santa Bárbara. Consta de predela, dos cuerpos y gran ático, todo ello distribuido en tres calles, llenando por completo el muro. El crucifijo que lo preside en la hornacina central del primer cuerpo, es una impresionante escultura barroca, llevando pintadas al fondo las figuras de la Virgen y San Juan. A los lados se ven las tallas de San Ignacio y San Francisco de Borja. En el segundo piso, Santa Águeda y, a sus lados, San Francisco Javier y San Francisco de Sales. En el ático, Santa Bárbara y otras tallas. El segundo retablo está dedicado a San Fermín, cuya talla preside el centro del primer piso, flanqueado por las de Santo Domingo y Santo Tomás de Aquino. En el segundo piso, San Andrés, con San Antonio de Padua y San Pedro Nolasco. En el ático una talla de buen tamaño de San Miguel. En las bases de estos dos retablos se colocaron posteriormente las urnas con los cuerpos de San Fidel y Santa Diosdada, traídos, como el de San Inocente, de Roma en 4729 por el Arcediano don Beltrán Pascual de Gayarre. El dorado de los retablos es rico y las tallas fueron estofadas con gran detalle, especialmente en el de San Fermín.

Los dos grandes lienzos que cuelgan en medio se encargaron en 1840 a Juan Gálvez para colocarlos en el muro del trascoro. Representan la Última Cena y la Oración del Huerto. En el último espacio de la girola, hacia el lado de la Epístola, está el retablo de Santo Tomás o de Caparroso. Consta de predela y dos cuerpos, divididos éstos en cinco calles de las que sobresale por arriba la central, y rodeados por un guardapolvo. El conjunto se ajusta al tipo de retablo gótico. Fue donado en 1507 por don Pedro Marcilla de Caparroso, según reza la inscripción. En el banco se describen, en siete tablas, escenas de la Pasión, mientras que las nueve grandes tablas de los cuerpos superiores describen otras de la Vida de la Virgen. La talla central representa la aparición de Cristo a Santo Tomás. En el guardapolvo, los doce Apóstoles y la Santa Faz, con los retratos de los donantes en la parte inferior. Es el más bello de los retablos de la catedral, buena muestra de la pintura flamenca, aunque estas influencias nórdicas se ven atemperadas ya por las corrientes renacentistas. No se conoce el nombre del autor, aunque se le relaciona con la obra de Pedro Díaz de Oviedo y con Juan Gascó.

Cerca de este retablo se halla otro pequeño, el Retablo de la Piedad, con un bajorrelieve en que se representa a la Virgen sosteniendo el cuerpo muerto de Cristo, sobre los pliegues ampulosos de su manto. En la pequeña predela están pintados la colocación de Cristo en el Sepulcro y, a los lados, San Miguel y San Luis, rey de Francia. En lo alto se colocó el escudo de la monarquía española en tiempo de Felipe II, ya que en su altar se celebraban las misas por el rey de España. El retablo es obra del escultor Domingo de Bidarte y del pintor Juan Claver, en 1601.

El brazo sur del crucero está convertido en capilla del Santísimo; al ser trasladado al ábside el coro, se colocó aquí la reja que lo cerraba. En su interior, al fondo, se instaló el Crucifijo llamado últimamente «del Trascoro», con su templete de mármol, diseñado por el arquitecto Manuel de Ugartemendía en 1831 y construido algunos años más tarde con jaspes y mármoles de Almándoz, Aizcorbe, Aldaz y Echaun. El asombroso Crucificado, de tamaño natural, obra maestra del Renacimiento, se encontraba en un principio en la Barbazana, donde un inventario notarial de objetos de la Catedral, levantado en 1651, lo califica, junto con una talla de San Jerómimo (hoy en el Museo de Navarra) como «hechuras de Ancheta». En el Diccionario de Madoz (1845-1850) se cita la intención del Cabildo de trasladarlo al trascoro para instalarlo en el proyectado retablo, cosa que hizo poco después, por acuerdo del mismo cabildo. Allí estuvo hasta su traslado a esta capilla del crucero, en 1946.

En el exterior de la escalera de caracol, cerca de la Puerta del Claustro, se halla, adosada al pilar, esculpido un dragón y en la ménsula que la sustenta figura el rey David con dos acompañantes. Por encima se protege con un doselete gótico.

En el muro occidental que cierra el espacio de salida del claustro y a continuación de una antigua puerta, ahora tapiada, está un lienzo de grandes dimensiones representando a San Cristóbal. Sustituyó a un retablo y es obra de Pedro de Rada en 1773.

La primera capilla del lado del Evangelio es la capilla de San Juan Evangelista y en ella se instaló en 1929 un retablo gótico del siglo XVI, procedente de Itoiz, cuando se suprimió otro neoclásico que ocultaba desde 1808 el sepulcro de Sánchez de Oteiza. El retablo es de tablas pintadas y consta de predela y dos cuerpos repartidos en tres calles. En la predela figuran los cuatro Evangelistas y, en las tablas superiores, parejas de san-tos y santas. En la calle central, un relieve moderno del santo titular y encima, el calvario.

Finalmente, la última capilla, semejante en dimensiones a su simétrica de San Juan Bautista, es la capilla de Santa Catalina, dedicada a ésta. En 1683 se construyó su retablo. Consta de predela, dos cuerpos y gran ático, distribuido todo ello en tres calles. En el primer cuerpo, junto a la talla de Santa Catalina, está la escena de los Santos Inocentes, único relieve del retablo, y la talla de un Obispo. En el segundo, la Inmaculada en el centro y, a sus lados, Santa María Magdalena y Santa Teresa. En el ático, San Martín.

Frente al Baptisterio hay otra puerta gótica, construida a la vez que la fachada y el último tramo de las naves. En ella se enmarca un lienzo de Santa Teresa, firmado por Carlos Berdusán, en 1701. Varios lienzos de los siglos XVI al XIX se hallan repartidos por las capillas y otros lugares de la catedral. Su calidad artística es desigual, pero hay algunos aceptables, especialmente barrocos.