Aunque en tiempos anteriores todas las capillas estuvieron cerradas por verjas, fueron sustituidas después por una balaustrada uniforme.

Actualmente se conservan dos valiosas y grandiosas rejas, que cierran el presbiterio y la capilla del Santísimo, siendo ésta la que daba paso al coro cuando éste se hallaba colocado en la nave central.

La reja del presbiterio es gótica y su autor fue Guillermo de Ervenant, que hizo figurar su nombre en ella en 1517. Consta de dos cuerpos y una crestería superior, que cubren el espacio entre los dos pilares. Se refuerza con cuatro pilastras primorosamente forjadas, adornadas, en cada una de sus caras, con figuras labradas y cobijadas por doseletes. La puerta se sitúa en la parte inferior del tramo central y se enmarca en dos barrotes, trenzados en su parte superior y de sección cuadrada en la superior, en la que van colocadas pequeñas estatuas decorativas. La crestería es un auténtico encaje en el que, enmarcados por las agujas en que terminan las pilastras, se disponen arcos conopiales entrecruzados y rematados en florones. Entre ellos se intercalan tres grupos escultóricos. Todo el conjunto exhibe una rica decoración, sobriamente distribuida, haciendo de esta reja una de las obras maestras de su género en España.

La reja del coro, ofrece una semejante grandiosidad y perfección en su forja y es de estilo renacentista, siendo muchos los que opinan que pudo ser obra del mismo maestro, cuando hacia 1540, realizada y a la sillería, se hubo de encargarla para cerrar el coro. Su esquema es similar al de la reja del presbiterio, pero los detalles arquitectónicos y decorativos son de gusto clásico, apareciendo capiteles en las pilastras y con abundantes medallones distribuidos a lo largo de los frisos de separación de los cuerpos. La crestería se forma con grutescos y en su parte central más alta se alza el crucifijo con dos ángeles que recogen la sangre de Cristo en cálices.