El presbiterio ocupa ahora la parte central del crucero y preside, bajo un baldaquino gótico diseñado por José Yárnoz (1946), la imagen de Santa María la Real.

Ante la imagen de Santa María Real se coronaban y prestaban juramento los Reyes de Navarra. Es una talla de madera, románica del siglo XII, chapeada de plata en esa misma época. Posteriormente ha sufrido restauraciones y añadidos, y la sustitución del Niño en el siglo XVII.

La mesa de altar se construyó con fragmentos del retablo de Orayen, del siglo XVII, y tras ella está la admirable cruz procesional de plata sobredorada del siglo XVI.

Al fondo del ábside se halla la sillería del coro, que antes estuvo en el centro de la nave y de la que se suprimió una tercera parte, ahora en el Museo de Navarra. Estaba dispuesta, en su primera organización, en dos órdenes, con 57 sillas el superior y 45 el inferior. Se cree que fue empleado roble de Inglaterra en su construcción. El autor principal fue Esteban de Obray, con quien colaboraron otros como Pierres Picart, Guillén de Holanda, Diego de Mendiguren, y Peti Juan de Melún. En su estilo se impone el plateresco, por ejemplo en los balaustres, decorados con guirnaldas que separan los respaldos. Los grutescos se reparten por todo. Los respaldos van tallados con figuras de cuerpo entero. Los sitiales están cubiertos de incrustaciones de boj. En los apoyos y tableros se ven escenas mitológicas, temas del Antiguo y Nuevo Testamento y símbolos, todo ello realizado con extraordinario gusto artístico. La sillería se terminó en 1539.